Apariţia instituţiei actuale se leagă de însuşi momentul de întemeiere a statului român modern prin Unirea Moldovei şi a Ţării Româneşti. Imediat după alegerea lui Alexandru Ioan Cuza ca domnitor al Moldovei şi al Tării Româneşti, în ianuarie 1859, a fost înfiinţat la Iaşi şi la Bucureşti câte un Minister al Cultelor. Începând din anul 1862, odată cu unificarea administrativă a Principatelor Romane, a luat fiinţă Ministerul Cultelor, a cărui existență continuă până astăzi. În anii 1867-1921 a funcţionat sub denumirea de Ministerul Cultelor şi Instrucţiunii Publice, tocmai pentru a accentua caracterul principal al activităţii Bisericilor în educaţie şi instrucţie, cunoscându-se faptul că în perioada respectivă şcolile confesionale aveau o mare pondere în sistemul educaţional românesc.
După realizarea Marii Uniri din 1918, Ministerul Cultelor şi Artelor a devenit organul central al statului pentru problemele cultelor religioase (1921-1930), pentru a reveni la forma denumirea Ministerul Cultelor şi Instrucţiunii Publice (1930-1939), apoi s-a reorganizat în Ministerul Educaţiei Naţionale, Cultelor şi Artelor (1940-1945), iar în perioada 1946-1957 a redevenit Ministerul Cultelor; din anul 1957 a funcţionat sub denumirea de Departamentul Cultelor. Asocierea cultelor cu artele în perioada interbelică se justifică în special prin activitatea de depistare, restaurare şi conservare a monumentelor istorice religioase, şi prin constituirea şcolii româneşti de restaurare în cadrul Comisiunii Monumentelor Istorice.
După decembrie 1989, Departamentul Cultelor redevine pentru o scurtă perioadă Ministerul Cultelor (ianuarie-iulie 1990), după care funcţionează până la finele anului 2000 sub forma de Secretariat de Stat pentru Culte. În aceşti ani, legătura instituţiei cu Guvernul s-a realizat prin intermediul unui ministru de stat, iar în anii 1996-2000 s-a aflat în subordonarea directă a Primului Ministru. Din 29 decembrie 2000 s-a revenit la formula interbelică, Ministerul Culturii şi Cultelor, iar din 29 decembrie 2009 s-a reînfiinţat Secretariatul de Stat pentru Culte, în subordinea directă a Primului Ministru.
Din luna mai 2012, Secretariatul de Stat pentru Culte s-a reorganizat ca instituţie publică în subordinea Ministerului Culturii şi Patrimoniului Naţional, fiind condusă de un director general. Din decembrie 2012 Secretariatul de Stat pentru Culte s-a reorganizat ca organ de specialitate al administraţiei publice centrale în coordonarea Primului Ministru.
***
În decursul vremii, Ministerul Cultelor s-a implicat permanent în ridicarea prestigiului vieţii şi activităţii cultelor religioase recunoscute din ţară, fiind, spre exemplu, deosebit de activ în momentele importante ce au dus la obţinerea autocefaliei (1885) şi la ridicarea Bisericii Ortodoxe Române la rang de Patriarhie (1925).
Încă de la înfiinţarea sa în anul 1859, Ministerul Cultelor a fost condus de personalităţi reprezentative ale vieţii politice, ştiinţifice şi artistice ale vremii, dintre care îi menţionăm pe Alexandru Odobescu, Dimitrie Bolintineanu, C.A. Rosetti, Titu Maiorescu, Vasile Conta, Take Ionescu, Spiru Haret, I.G. Duca, Simion Mehedinţi, Octavian Goga, P.P. Negulescu, Vasile Goldiş, Nicolae Iorga, Dimitrie Gusti, episcopul academician Nicolae Colan, Ion Nistor, Constantin Giurescu, Ion Petrovici
După decembrie 1989 instituţia cu atribuţii în domeniul cultelor şi al libertăţii religioase a fost condusă de:
1990-2000
MINISTERUL CULTELOR; SECRETARIATUL DE STAT PENTRU CULTE
| Perioada | Nume şi prenumele | Funcţia |
| 18.01.1990-05.07.1990 | Nicolae STOICESCU | Ministrul Cultelor |
| 06.07.1990-01.03.1995 | Gheorghe VLĂDUŢESCU | Secretar de Stat |
| 01.07.1995-23.11.1996 | Ilie FONTA | Secretar de Stat |
| 23.11.1996-23.01.1997 | George CÂRSTOIU | Secretar de Stat ad-interim |
| 23.01.1997-22.09.1999 | Gheorghe F. ANGHELESCU | Secretar de Stat |
| 22.09.1999-05.01.2001 | Nicolae I. BRÂNZEA | Secretar de Stat |
29.12.2000 – 2009
MINISTERUL CULTURII ŞI CULTELOR
| Perioada | Nume şi prenumele | Funcţia |
| 28.12.2000-28.12.2004 | Rǎzvan THEODORESCU | Ministrul Culturii şi Cultelor |
| 05.01.2001-28.12.2004 | Laurenţiu D. TĂNASE | Secretar de Stat pentru Culte |
| 29.12.2004-22.08.2005 | Monica Octavia MUSCĂ | Ministrul Culturii şi Cultelor |
| 22.08.2005-22.12.2008 | Adrian IORGULESCU | Ministrul Culturii şi Cultelor |
| 27.01.2005-22.06. 2007 | Nicolae Adrian LEMENI | Secretar de Stat pentru Culte |
| 22.06.2007-22.12.2008 | Gigel Sorinel ŞTIRBU | Secretar de Stat pentru Culte |
2008 – 2009
MINISTERUL CULTURII, CULTELOR ŞI PATRIMONIULUI NAŢIONAL
| Perioada | Nume şi prenumele | Funcţia |
| 22.12.2008-22.12.2009 | Theodor PALEOLOGU | Ministrul Culturii, Cultelor şi Patrimoniului Naţional |
| 04.02.2009-21.01.2010 | Nicolae Adrian LEMENI | Secretar de Stat pentru Culte |
2010 –
SECRETARIATUL DE STAT PENTRU CULTE
| Perioada | Nume şi prenumele | Funcţia |
| 21.01.2010-06.06.2012 | Nicolae Adrian LEMENI | Secretar de Stat |
| 28.06.2012-15.02.2013 | Florinel Irinel FRUNZĂ | Director General |
| 25.02.2013-24.08.2022 | Victor OPASCHI | Secretar de Stat |
| 24.08.2022-23.06.2023 | Florinel Irinel FRUNZĂ | Director cu atribuţii de Secretar de Stat |
| 23.06.2023-prezent | Ciprian Vasile OLINICI | Secretar de Stat |